Лабораторија је започела са радом 2001. године када је у Завод путем неколико пројеката допремљена опрема за контролу квалитета вода и ваздуха. Због недостатка властитог лабораторијског простора као и додатне опреме неопходне за обављање анализа опрема је тек крајем 2002. године смјештена на Пољопривредни институт Републике Српске тј. у Завод за агрохемију и агроекологију.

Лабораторија обавља физичко-хемијске анализе вода систематског испитивања и праћења квалитета површинских и подземних вода Републике Српске. 

Tакође се врше континуирана мјерења и праћења квалитета падавина у мрежи станица за квалитет ваздуха. У сарадњи са Пољопривредним институтом лабораторија обавља заједничке послове и пројекте од интереса зa обе институције.

  • PH метар
  • Спектрофотометар UVVIS
  • Кондуктометар
  • Титратор
  • Јонски хроматограф
  • Quanta
  • Дисперзиони модел
  • Аутоматска станица за квалитет ваздуха
  • Централна база података
  • Мјерни инструмент за квалитет ваздуха