Дјелатност Завода је дефинисана Законом о метеоролошкој и хидролошкој дјелатности („Службени гласник Републике Српске“, број: 20/00); Законом о сеизмолошкoј дјелатности („Службени гласник Републике Српске“ број: 20/97); Законом о заштити ваздуха(„Службени гласник Републике Српске“, бр. 124/11 и 46/17) и Законом о заштити животне средине („Службени гласник Републике Српске“, бр. 71/12 и 79/15).
Дјелатност Завода се одвија кроз три сектора, једно одјељење, један самостални одсјек и то:
- Сектор за метеорологију, са два одјељења:
- Одјељење бдијења и
- Одјељење за климатологију и агрометеорологију у којем постоје два одсјека:
- Одсјек за климатологију и
- Одсјек за агрометеорологију,
- Сектор за хидрологију и заштиту животне средине, са два одјељења:
- Одјељење за хидрологију и
- Одјељење за заштиту животне средине,
- Сектор за сеизмологију, са два одјељења:
- Одјељење за опсерваторску сеизмологију и
- Одјељење за инструменталну и инжењерску сеизмологију,
- Одјељење за правне и финансијске послове.