Дјелатност  Завода је дефинисана Законом о метеоролошкој и хидролошкој дјелатности (“Службени гласник Републике Српске”, број: 20/00); Законом о сеизмолошкoј  дјелатности (“Службени гласник Републике Српске” број: 20/97); Законом о заштити ваздуха(“Службени гласник Републике Српске”, бр. 124/11 и 46/17) и Законом о заштити животне средине (“Службени гласник Републике Српске”, бр. 71/12 и 79/15).

Дјелатност  Завода се одвија кроз три сектора, једно одјељење, један самостални одсјек и то:

  • Сектор за метеорологију,  са  два одјељења:
    • Одјељење бдијења и
    • Одјељење за климатологију и агрометеорологију у којем постоје два одсјека:
      • Одсјек за климатологију и
      • Одсјек за агрометеорологију,
  • Сектор за хидрологију и заштиту животне средине, са два одјељења:
    • Одјељење за хидрологију и
    • Одјељење за заштиту животне средине,
  • Сектор за сеизмологију, са два одјељења:
    • Одјељење за опсерваторску сеизмологију и
    • Одјељење за  инструменталну и инжењерску сеизмологију,
  • Одјељење за правне и финансијске послове.
  • Одсјек за информисање и међународну сарадњу.