Дјелатност  Завода дефинисана је Законом о метеоролошкој и хидролошкој дјелатности, Службени гласник Републике Српске број 20/00 од 17. јула 2000. године, Законом о сеизмолошкoј  дјелатности, Службени гласник Републике Српске број 20/97 од 28. јула 1997. године и Законом о заштити ваздуха, Службени гласник Републике Српске број 124/11 од 14. децембра 2011. године.

Дјелатност  Завода се одвија кроз  постојање три сектора и једног одјељења:

  • Сектор за метеорологију,  са  два одјељења:
    • одјељење бдијења и
    • одјељење за климатологију и агрометеорологију у којем постоје два одсјека:
      • одсјек за климатологију и
      • одсјек за агрометеорологију,
  • Сектор за хидрологију и заштиту животне средине, са два одјељења:
    • одјељење за хидрологију и
    • одјељење за заштиту животне средине,
  • Сектор за сеизмологију, са два одјељења:
    • одјељење за опсерваторску сеизмологију и
    • одјељење за  инструменталну и инжењерску сеизмологију,
  • Одјељење за финансијске и правне послове.