Лабораторија је започела са радом 2001. године када је у Завод путем неколико пројеката допремљена опрема за контролу квалитета вода и ваздуха. Због недостатка властитог лабораторијског простора као и додатне опреме неопходне за обављање анализа опрема је тек крајем 2002. године смјештена на Пољопривредни институт Републике Српске тј. у Завод за агрохемију и агроекологију.
Лабораторија обавља физичко-хемијске анализе вода систематског испитивања и праћења квалитета површинских и подземних вода Републике Српске.
Tакође се врше континуирана мјерења и праћења квалитета падавина у мрежи станица за квалитет ваздуха. У сарадњи са Пољопривредним институтом лабораторија обавља заједничке послове и пројекте од интереса зa обе институције.
PH метар 
Спектрофотометар UVVIS 
Кондуктометар 
Титратор 
Јонски хроматограф 
Quanta 
Дисперзиони модел 
Аутоматска станица за квалитет ваздуха 
Централна база података 
Мјерни инструмент за квалитет ваздуха