Одјељење за заштиту животне средине је у саставу Сектора за хидрологију и заштиту животне средине РХМЗ, чије су основне обавезе, овлаштења и надлежности дефинисане Законом о хидролошкој и метеоролошкој дјелатности РС (Службени гласник Републике Српске, број: 20/2000).
Ова дјелатност обухвата:
- систематска осматрања и мјерења карактеристика квалитета ваздуха и падавина у мрежи станица за квалитет ваздуха,
- израду инвентара емисија загађујућих материја и инвентара гасова са ефектом стаклене баште,
- вођење регистра загађујућих материја из различитих сегмената животне средине (вода, ваздух, земљиште, отпад),
- систематска осматрања и мјерења карактеристика квалитета површинских и подземних вода у мрежи хидролошких станица,
- праћење преноса загађујућих материја кроз атмосферу и хаваријских загађења,
- праћење преноса загађујућих материја кроз водотоке и хаваријских загађења,
- основну обраду осмотрених података,
- формирање информационог система за потребе извјештавања.